Denominada como Dirección General de Innovación en 2006, esta unidad administrativa opera en la Administración Pública Estatal desde el 1º de octubre de 1969. Se creó en la Oficialía Mayor como “Grupo de Organización y Métodos de la Administración Pública” y su labor ha trascendido a lo largo de los años con el objeto de planear, organizar, dirigir, controlar y evaluar las acciones para la elaboración y ejecución de los programas de mejoramiento administrativo, así como administrar la operación de la correspondencia y del Sistema Estatal de Documentación.
Con la Ley Orgánica del Poder Ejecutivo del Estado de México 1976, cambia su denominación a “Departamento de Organización, Sistemas y Correspondencia”. En 1981 se promulgó la Ley Orgánica de la Administración Pública del Estado de México, creándose la Secretaría de Administración, en la que se adscribió Dirección de Organización y Documentación, nombre que conservó hasta 2003. En ese mismo año, mediante el Decreto de la Legislatura Estatal que reformó la Ley Orgánica de la Administración Pública del Estado de México, se fusionó la Secretaría de Administración con la Secretaría de Finanzas y Planeación, con el propósito de contar con una dependencia de atención integral denominada Secretaría de Finanzas, Planeación y Administración; en esta dependencia se conformó una Subsecretaría de Administración en la que se adscribió la Dirección General de Innovación, Estructura y Organización. Posteriormente, el 5 de julio de 2006 se simplificó su denominación a Dirección General de Innovación, nombre que conserva hasta la fecha.
La Dirección General de Innovación atiende sustancialmente la generación y dictaminación de documentos jurídico-administrativos que regulan la organización y funcionamiento de las dependencias y organismos auxiliares del Poder Ejecutivo Estatal, tales como: estructuras orgánicas, reglamentos interiores y manuales administrativos; asimismo, ejecuta programas de mejoramiento administrativo, innovación y calidad gubernamental, vinculación ciudadana y administración de documentos.