En 2007, en el marco de las acciones de la Comisión Permanente de Contralores Estados-Federación (CPCE-F), instancia encargada del tema de innovación y simplificación administrativa, se inició la recopilación de información relacionada con las mejores prácticas en diferentes regiones del país, para promover el intercambio de experiencias de éxito entre los Órganos Estatales de Control (OEC).
Así en 2008, la Dirección General de Innovación (DGI) dio apertura al registro, análisis, evaluación y difusión de casos de éxito, en aras de calificarlas como mejores prácticas, actividad que se encontraba a cargo de la Subdirección de Proyectos de Innovación, hoy Subdirección de Mejores Prácticas.
En 2019 se crea el Departamento de Mejores Prácticas Administrativas, adscrito a la Subdirección de Mejores Prácticas, de la Dirección de Gestión y Vinculación Ciudadana, de conformidad con el Manual General de Organización de la Secretaría de Finanzas, publicado el 25 de abril de 2019, con el propósito de contar con un área encargada, específicamente, de identificar y registrar los casos de éxito que se desarrollan e implementan en las distintas dependencias y organismos auxiliares del Poder Ejecutivo Estatal, así como de realizar estudios comparativos, entre otras responsabilidades.
El 2 de agosto de 2022, la Dirección General de Innovación se reestructura, modificando el nombre del Departamento de Mejores Prácticas Administrativas a Departamento de Investigación Comparativa, cambiando su adscripción de la Dirección de Gestión de la Calidad y Vinculación Ciudadana a la Dirección de Proyectos de Innovación de nueva creación.
El Departamento de Investigación Comparativa, tiene como función primordial, la promoción de vínculos de cooperación e intercambio de información de experiencias exitosas, en materia de modernización e innovación administrativa con instituciones y dependencias estatales y federales, que contribuyan a una mejor gestión gubernamental, mediante la realización de estudios comparativos, la identificación y la adopción de buenas prácticas, para elevar la calidad de los trámites y servicios de la Administración Pública Estatal.